Els òrgans de govern i de gestió de la societat són la Junta General, el Consell d'Administració i la Gerència. La darrera funció està assumida actualment per la persona del conseller delegat. La Junta General està integrada per 53 membres i està presidida per l’alcalde de Badalona, Jordi Serra.  Amb l'alcalde integren la Junta els altres 26 representants del consistori badaloní i 26 consellers comarcals, nomenats pel Ple del Consell.

El Consell d'Administració està integrat per quinze persones i presidit per l'alcalde (vuit representen a l'Ajuntament i set hi participen en representació del Consell Comarcal del Barcelonès).
El Consell d'Administració pot nomenar, d'entre els seus membres, un o més conselleres delegats, responsabilitat que és per a cinc anys, renovable una o més vegades per un període d'igual durada. Francesc Panella Saquero és el Conseller Delegat de Marina de Badalona, S.A.